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Run: SRR22048374
Summary

Run ID: SRR22048374

Sample name:

Date: 04-04-2023 03:44:57

Number of reads: 4486944

Percentage reads mapped: 99.5

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
rpoB 760975 p.Met390Thr missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472808 n.963C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475090 n.1433A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475137 n.1480A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475170 n.1513A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475175 n.1518G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475176 n.1519G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475518 n.1861A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475521 n.1864T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475526 n.1869C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475529 n.1872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475532 n.1875A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475538 n.1881T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475544 n.1887A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475548 n.1891C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475549 n.1892T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475713 n.2056C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475717 n.2060C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475794 n.2137A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475927 n.2270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476051 n.2394G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476641 n.2984T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168149 p.Pro822Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086767 c.-53A>C upstream_gene_variant 0.99
Rv3083 3448497 c.-7T>A upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4244990 c.1758G>C synonymous_variant 1.0
aftB 4267715 c.1122G>A synonymous_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0