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Run: SRR3675475
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Run ID: SRR3675475

Sample name:

Date: 04-04-2023 05:29:18

Number of reads: 469179

Percentage reads mapped: 84.11

Strain: lineage4.1.1.3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
lineage4.1.1.3 Euro-American (X-type) X1;X3 RD193 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrA 7582 p.Asp94Gly missense_variant 1.0 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7401 p.Ser34Arg missense_variant 0.2
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
ccsA 620748 c.858T>G synonymous_variant 0.36
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.18
rpoC 762995 c.-375G>C upstream_gene_variant 0.2
rpoB 763005 p.Cys1067Val missense_variant 0.13
rpoB 763014 p.Met1070Leu missense_variant 0.12
rpoB 763017 p.Gln1071Glu missense_variant 0.12
rpoC 763022 c.-348C>G upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763028 c.-342T>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.12
rpoB 763038 p.Thr1078Ala missense_variant 0.12
rpoC 763043 c.-327G>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.13
rpoC 763070 c.-300T>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpS5 779563 c.-658A>G upstream_gene_variant 0.18
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474713 n.1056T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475715 n.2058G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476235 n.2578A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476267 n.2610G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476276 n.2619C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476279 n.2622G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476295 n.2638C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476306 n.2649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476307 n.2650A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476311 n.2654G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
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rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rpsA 1833976 c.435C>T synonymous_variant 0.14
rpsA 1833979 c.438T>C synonymous_variant 0.14
rpsA 1833994 c.453G>C synonymous_variant 0.14
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tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2155990 p.Asn41Ile missense_variant 0.1
katG 2156096 p.Pro6Ser missense_variant 1.0
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ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
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embC 4242158 p.Leu766Met missense_variant 0.12
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