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Run: SRR6045655
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Run ID: SRR6045655

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:03:10

Number of reads: 696798

Percentage reads mapped: 52.18

Strain: lineage4.1.1.3.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
lineage4.1.1.3 Euro-American (X-type) X1;X3 RD193 1.0
lineage4.1.1.3.1 Euro-American (X-type) X1;X3 RD193 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6336 p.Gln366Arg missense_variant 0.12
gyrB 6927 p.Leu563Trp missense_variant 0.13
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 762775 p.Arg990His missense_variant 0.12
rpoC 763984 p.Met205Ile missense_variant 0.12
rpoC 764509 c.1140G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764524 c.1155C>G synonymous_variant 0.1
rpoC 764548 c.1179G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764549 p.Pro394Val missense_variant 0.11
rpoC 764560 c.1191T>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764572 c.1203G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764575 c.1206T>G synonymous_variant 0.1
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303601 p.Glu224Gly missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472675 n.830T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473290 n.1445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474832 n.1175A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474862 n.1205C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474896 n.1239A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474901 n.1244A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474938 n.1281G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476253 n.2596A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476255 n.2598A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476297 n.2640C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476298 n.2641C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476309 n.2652G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2103225 c.-183A>C upstream_gene_variant 0.22
PPE35 2170048 p.Leu189Val missense_variant 0.13
PPE35 2170053 p.Thr187Ser missense_variant 0.13
PPE35 2170151 p.Tyr154* stop_gained 0.13
PPE35 2170385 c.228G>T synonymous_variant 0.19
PPE35 2170392 p.Gly74Ala missense_variant 0.13
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726338 p.Val49Gly missense_variant 0.27
ahpC 2726341 p.Val50Gly missense_variant 0.24
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embB 4249408 c.2895G>A synonymous_variant 1.0
aftB 4269540 c.-704C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0