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Run: SRR6046646
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Run ID: SRR6046646

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:21:10

Number of reads: 3642638

Percentage reads mapped: 96.42

Strain: lineage4.7

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.7 Euro-American (mainly T) T1;T5 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472740 n.895G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1473897 n.240G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474315 n.658A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474623 n.966C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474774 n.1117A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474826 n.1169T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476118 n.2461G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476126 n.2469C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476130 n.2473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476255 n.2598A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476267 n.2610G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476276 n.2619C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476279 n.2622G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476306 n.2649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476307 n.2650A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2170048 p.Leu189Val missense_variant 0.12
PPE35 2170053 p.Thr187Ser missense_variant 0.11
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
whiB7 3568610 p.Asp24His missense_variant 1.0
alr 3840618 p.Asp268Gly missense_variant 1.0
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embB 4249732 c.3219C>G synonymous_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0