Run ID: SRR6046874
Sample name:
Date: 04-04-2023 12:24:46
Number of reads: 884717
Percentage reads mapped: 84.55
Strain: lineage4.5
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.5 | Euro-American | H;T | RD122 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.46 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 0.93 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7892 | c.591G>A | synonymous_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491027 | p.Asn82Thr | missense_variant | 0.32 |
ccsA | 619831 | c.-60T>G | upstream_gene_variant | 0.3 |
ccsA | 620029 | c.139C>T | synonymous_variant | 1.0 |
rpoC | 766792 | c.3423C>T | synonymous_variant | 0.11 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv1258c | 1407133 | p.Gly70Arg | missense_variant | 0.15 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472517 | n.672T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472518 | n.673G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
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rrl | 1474218 | n.561T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1474228 | n.571T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
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rrl | 1474252 | n.595T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1474734 | n.1077G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474760 | n.1103A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
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rrl | 1474777 | n.1120T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
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rrl | 1476425 | n.2768G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.58 |
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rrl | 1476429 | n.2772A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.58 |
rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
fabG1 | 1674094 | p.Gly219Arg | missense_variant | 0.14 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
katG | 2153938 | p.Val725Ala | missense_variant | 0.12 |
PPE35 | 2170131 | p.Val161Ala | missense_variant | 0.18 |
PPE35 | 2170280 | c.333C>T | synonymous_variant | 0.11 |
PPE35 | 2170568 | p.Ile15Met | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
pncA | 2289891 | c.-650G>A | upstream_gene_variant | 0.12 |
kasA | 2518151 | p.Ser13Arg | missense_variant | 0.11 |
pepQ | 2860113 | c.306C>T | synonymous_variant | 1.0 |
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ribD | 2987220 | p.Arg128Cys | missense_variant | 0.11 |
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Rv3236c | 3612942 | p.Ala59Pro | missense_variant | 0.11 |
clpC1 | 4038318 | p.Pro796Leu | missense_variant | 1.0 |
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ubiA | 4269864 | c.-31C>G | upstream_gene_variant | 0.19 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |