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Run: SRR6982192
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Run ID: SRR6982192

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:30:08

Number of reads: 340082

Percentage reads mapped: 95.23

Strain: lineage4.1.1.3

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 0.96
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 0.93
lineage4.1.1.3 Euro-American (X-type) X1;X3 RD193 0.96
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5231 c.-9A>G upstream_gene_variant 0.1
gyrB 5326 c.90delC frameshift_variant 0.12
gyrB 7083 p.Glu615Gly missense_variant 0.25
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8377 c.1078delC frameshift_variant 0.12
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 759736 c.-71G>T upstream_gene_variant 0.11
rpoB 760678 p.Glu291Gly missense_variant 0.12
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406227 p.Asp372Asn missense_variant 0.15
Rv1258c 1407207 p.Ser45* stop_gained 0.15
embR 1416263 p.Thr362Met missense_variant 0.12
embR 1416342 p.Gly336Cys missense_variant 0.11
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472837 n.992C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472844 n.999C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472845 n.1000G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472847 n.1002G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472850 n.1005T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472864 n.1019C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472865 n.1021_1022insCTGC non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472870 n.1025T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472871 n.1026G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472878 n.1033G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472923 n.1078G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472934 n.1089C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472993 n.1148G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473001 n.1156G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473009 n.1164T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473089 n.1244A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474686 n.1029A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476160 n.2503T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476195 n.2538C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476211 n.2554G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476213 n.2556G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476248 n.2591G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476259 n.2602C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476297 n.2640C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476298 n.2641C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476309 n.2652G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
inhA 1674613 p.Met138Val missense_variant 0.25
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
tlyA 1918594 p.Gly219Ser missense_variant 0.13
ndh 2101905 p.Ala380Pro missense_variant 0.13
ndh 2101914 p.Ser377Pro missense_variant 0.17
katG 2154715 p.Gly466Val missense_variant 0.14
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 0.13
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 0.17
PPE35 2168533 p.Val694Met missense_variant 0.18
PPE35 2170226 c.386delA frameshift_variant 1.0
Rv1979c 2222444 p.Ala241Thr missense_variant 0.11
Rv1979c 2223045 c.120C>T synonymous_variant 0.11
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2288897 c.345A>G synonymous_variant 0.13
kasA 2518110 c.-5T>A upstream_gene_variant 0.11
eis 2714613 c.720A>G synonymous_variant 0.12
eis 2714697 c.636T>G synonymous_variant 0.13
ribD 2986957 p.Trp40* stop_gained 0.12
Rv2752c 3066162 c.30C>A synonymous_variant 0.29
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3087064 p.Tyr82Cys missense_variant 0.18
ald 3087111 p.Ala98Ser missense_variant 0.17
fbiD 3339192 p.Arg25Ser missense_variant 0.11
fbiD 3339281 p.Ser55* stop_gained 0.12
Rv3083 3449643 c.1140C>T synonymous_variant 0.17
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fbiA 3640992 p.Cys150* stop_gained 0.12
panD 4044163 p.Glu40Gly missense_variant 0.13
embC 4240004 p.Pro48Thr missense_variant 0.15
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embA 4243201 c.-32G>A upstream_gene_variant 0.18
embA 4244323 p.Ala364Asp missense_variant 0.22
embB 4247900 c.1387C>T synonymous_variant 0.14
embB 4249408 c.2895G>A synonymous_variant 1.0
ubiA 4269520 p.Val105Glu missense_variant 0.12
ethA 4327412 p.Trp21Ser missense_variant 0.17
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407798 c.405G>T synonymous_variant 1.0