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Run: SRR8692885
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Run ID: SRR8692885

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Date: 13-08-2023 19:50:04

Number of reads: NA

Percentage reads mapped: NA

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 0.99
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrl 1476471 n.2814G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55 linezolid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7120 c.-182T>C upstream_gene_variant 0.1
gyrA 7129 c.-173T>G upstream_gene_variant 0.1
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 0.12
gyrA 8155 p.Thr285Asn missense_variant 0.2
gyrA 8226 c.925C>A synonymous_variant 0.15
gyrA 8231 c.930C>A synonymous_variant 0.29
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 0.14
rpoB 760139 c.333A>G synonymous_variant 0.18
rpoB 760142 c.336C>G synonymous_variant 0.18
rpoB 760145 c.339C>G synonymous_variant 0.18
rpoB 760172 c.366G>C synonymous_variant 0.15
rpoB 760193 c.387C>A synonymous_variant 0.14
rpoB 760256 c.450C>T synonymous_variant 0.17
rpoB 760283 c.477G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.1
rpoC 762899 c.-471G>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762917 c.-453C>G upstream_gene_variant 0.13
rpoC 762920 c.-450C>T upstream_gene_variant 0.16
rpoC 762923 c.-447C>G upstream_gene_variant 0.15
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 0.15
rpoC 762959 c.-411G>C upstream_gene_variant 0.15
rpoC 762962 c.-408C>T upstream_gene_variant 0.14
rpoC 762983 c.-387C>T upstream_gene_variant 0.15
rpoC 762989 c.-381G>A upstream_gene_variant 0.16
rpoC 762995 c.-375G>T upstream_gene_variant 0.15
rpoC 763004 c.-366G>A upstream_gene_variant 0.16
rpoC 763007 c.-363C>T upstream_gene_variant 0.16
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.1
mmpL5 776858 p.Ser541Arg missense_variant 0.17
mmpL5 778933 c.-453G>T upstream_gene_variant 0.18
mmpL5 778963 c.-483G>T upstream_gene_variant 0.14
mmpL5 778972 c.-492G>T upstream_gene_variant 0.15
rpsL 781595 c.36T>C synonymous_variant 0.1
rpsL 781652 c.93T>C synonymous_variant 0.12
rpsL 781658 c.99A>G synonymous_variant 0.11
rpsL 781682 c.123T>C synonymous_variant 0.12
rpsL 781715 c.156T>C synonymous_variant 0.1
rpsL 781916 c.357T>G synonymous_variant 0.11
rplC 801431 p.Val208Ala missense_variant 0.12
Rv1258c 1406686 p.Val219Ile missense_variant 0.97
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471663 n.-183C>A upstream_gene_variant 0.25
rrs 1471721 n.-124delT upstream_gene_variant 0.29
rrs 1471774 n.-72G>T upstream_gene_variant 0.33
rrs 1471813 n.-32delT upstream_gene_variant 0.2
rrs 1471926 n.81C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1471931 n.87delA non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1471979 n.134T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1471986 n.141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472019 n.174G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472023 n.178G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472029 n.184C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472030 n.185G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472033 n.188A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472035 n.190G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472040 n.195T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472043 n.198T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472053 n.211_212delGC non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472061 n.216A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472446 n.601T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472452 n.607G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472847 n.1002G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472848 n.1003T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472849 n.1004C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472850 n.1005T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472857 n.1012A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472858 n.1013G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472859 n.1014G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472860 n.1015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472963 n.1118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472969 n.1124A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472970 n.1125C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472977 n.1132G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472978 n.1133T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1473699 n.42A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1473717 n.60G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1473731 n.74T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1473746 n.89T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1473758 n.101G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1473763 n.106C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1473770 n.113T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473806 n.149C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1473814 n.157A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1473815 n.158T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1473816 n.159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473830 n.173T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474182 n.525C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474308 n.651G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474498 n.841G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474505 n.848C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474515 n.858G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474709 n.1053delT non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474714 n.1058delT non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474753 n.1096A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474788 n.1131G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475061 n.1404C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475108 n.1451C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475380 n.1723C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475381 n.1724G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475382 n.1725A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475395 n.1738T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475396 n.1739C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475397 n.1740G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475402 n.1745C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475419 n.1762C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475429 n.1772G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475431 n.1774T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475452 n.1795C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475460 n.1803A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475479 n.1822C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475480 n.1823A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475505 n.1848G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475759 n.2102C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475764 n.2107A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475775 n.2118G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475991 n.2334T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1475994 n.2337G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475995 n.2338G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476009 n.2352G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476030 n.2373A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476032 n.2375C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476034 n.2377C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476035 n.2378G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476044 n.2387T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476045 n.2388G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476047 n.2390G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476049 n.2392C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476056 n.2399G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476062 n.2405G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476088 n.2431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476095 n.2438C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476103 n.2446C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476105 n.2448G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476106 n.2449A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476110 n.2453G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476251 n.2594T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476256 n.2599A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476265 n.2608G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476299 n.2642C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476473 n.2816G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rpsA 1833709 c.168C>A synonymous_variant 0.15
ndh 2103036 p.Pro3Thr missense_variant 0.18
katG 2156276 c.-165C>A upstream_gene_variant 0.15
Rv1979c 2221797 p.Phe456Leu missense_variant 0.15
Rv1979c 2223123 c.42G>T synonymous_variant 0.14
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 0.27
ethR 4327138 c.-411C>A upstream_gene_variant 0.14
ethA 4327392 p.Pro28Thr missense_variant 0.14