Run ID: ERR1213873
Sample name:
Date: 31-03-2023 12:42:29
Number of reads: 4803370
Percentage reads mapped: 97.91
Strain: lineage4.3.4.2.1
Drug-resistance: MDR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.3 | Euro-American (LAM) | mainly-LAM | None | 1.0 |
lineage4.3.4 | Euro-American (LAM) | LAM | RD174 | 0.99 |
lineage4.3.4.2 | Euro-American (LAM) | LAM1;LAM4;LAM11 | RD174 | 0.99 |
lineage4.3.4.2.1 | Euro-American (LAM) | LAM11 | RD174 | 0.99 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rpoB | 761110 | p.Asp435Val | missense_variant | 1.0 | rifampicin |
rrs | 1472307 | n.462C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 | streptomycin |
katG | 2155168 | p.Ser315Thr | missense_variant | 0.95 | isoniazid |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrB | 6140 | p.Val301Leu | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 764995 | c.1626C>G | synonymous_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpsL | 781713 | p.Val52Ile | missense_variant | 0.13 |
embR | 1416911 | p.Arg146His | missense_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471969 | n.124T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472035 | n.190G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1472042 | n.197T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472053 | n.211_212delGC | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472061 | n.216A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472075 | n.230A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472106 | n.261G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1472295 | n.450A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472300 | n.455C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1473752 | n.95G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrl | 1473806 | n.149C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrl | 1473815 | n.158T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrl | 1473836 | n.179A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrl | 1473876 | n.219G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.49 |
rrl | 1473877 | n.220G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.49 |
rrl | 1473898 | n.241C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrl | 1473923 | n.266C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrl | 1473924 | n.267_268insT | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrl | 1473943 | n.286G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1473944 | n.287G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.48 |
rrl | 1473995 | n.338G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrl | 1474001 | n.344C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrl | 1474028 | n.371T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1474029 | n.372G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrl | 1474034 | n.377G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrl | 1474040 | n.383G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.49 |
rrl | 1474083 | n.426C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.52 |
rrl | 1474111 | n.454T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrl | 1474140 | n.483C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.72 |
rrl | 1474151 | n.494C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.74 |
rrl | 1474181 | n.524C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrl | 1474266 | n.609T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.48 |
rrl | 1474308 | n.651G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrl | 1474310 | n.653T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrl | 1474362 | n.705A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.46 |
rrl | 1474374 | n.717T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
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rrl | 1474632 | n.975G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
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rrl | 1474716 | n.1059A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
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rrl | 1474812 | n.1155G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.48 |
rrl | 1474831 | n.1174A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1474975 | n.1318G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1475005 | n.1348C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1475006 | n.1349A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1475013 | n.1356G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1475028 | n.1371G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1475061 | n.1404C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrl | 1475202 | n.1545G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1475213 | n.1556C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1475252 | n.1595C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrl | 1475266 | n.1609T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrl | 1475276 | n.1619T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrl | 1475289 | n.1632G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1475291 | n.1634A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1475297 | n.1640C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1475315 | n.1658A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrl | 1475333 | n.1676T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrl | 1475355 | n.1698C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1475369 | n.1712G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrl | 1475402 | n.1745C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1475419 | n.1762C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1475429 | n.1772G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrl | 1475446 | n.1789G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrl | 1475505 | n.1848G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrl | 1475526 | n.1869C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrl | 1475608 | n.1951T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1475760 | n.2103C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1475763 | n.2106C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1475881 | n.2224T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1475988 | n.2331A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1475997 | n.2340A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1476086 | n.2429G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1476089 | n.2432T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1476095 | n.2438C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1476115 | n.2458T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1476117 | n.2460G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1476583 | n.2926G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1476597 | n.2940G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrl | 1476628 | n.2971T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.34 |
rrl | 1476629 | n.2972C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.34 |
rrl | 1476716 | n.3059A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 0.97 |
PPE35 | 2169320 | p.Leu431Phe | missense_variant | 0.3 |
Rv1979c | 2222417 | p.Arg250Trp | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 0.98 |
folC | 2746753 | c.846C>T | synonymous_variant | 0.13 |
thyA | 3073806 | c.666C>G | synonymous_variant | 0.17 |
thyA | 3073868 | p.Thr202Ala | missense_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3236c | 3612009 | p.Ala370Thr | missense_variant | 0.96 |
Rv3236c | 3612182 | p.Ala312Val | missense_variant | 0.11 |
alr | 3840719 | c.702A>G | synonymous_variant | 1.0 |
clpC1 | 4038287 | c.2418C>T | synonymous_variant | 1.0 |
clpC1 | 4038857 | c.1848C>A | synonymous_variant | 0.2 |
embC | 4242425 | p.Arg855Gly | missense_variant | 0.22 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
aftB | 4269056 | c.-220C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4407724 | p.Leu160Pro | missense_variant | 1.0 |
gid | 4408156 | p.Leu16Arg | missense_variant | 1.0 |