Run ID: ERR176470
Sample name:
Date: 31-03-2023 15:02:05
Number of reads: 2312622
Percentage reads mapped: 91.74
Strain: lineage4.3.4.1
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.3 | Euro-American (LAM) | mainly-LAM | None | 1.0 |
lineage4.3.4 | Euro-American (LAM) | LAM | RD174 | 1.0 |
lineage4.3.4.1 | Euro-American (LAM) | LAM1;LAM2 | RD174 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 490751 | c.-32T>G | upstream_gene_variant | 0.24 |
fgd1 | 491493 | c.711C>T | synonymous_variant | 1.0 |
rpoC | 764995 | c.1626C>G | synonymous_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
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rrs | 1472122 | n.277G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
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rrl | 1476547 | n.2890C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
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ahpC | 2726338 | p.Val49Gly | missense_variant | 0.27 |
folC | 2747263 | c.336C>A | synonymous_variant | 0.23 |
thyX | 3067968 | c.-23C>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
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ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
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fbiB | 3640614 | c.-921C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
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gid | 4408156 | p.Leu16Arg | missense_variant | 1.0 |