Run ID: ERR2510768
Sample name:
Date: 31-03-2023 18:55:46
Number of reads: 1396862
Percentage reads mapped: 96.63
Strain: lineage4.8
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.8 | Euro-American (mainly T) | T1;T2;T3;T5 | RD219 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472644 | n.799C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 | streptomycin |
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 | streptomycin |
rrs | 1473247 | n.1402C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
rrs | 1473329 | n.1484G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
mshA | 575891 | p.Ala182Thr | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472106 | n.261G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472112 | n.267C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472113 | n.268T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472251 | n.406G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472494 | n.649A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472498 | n.653C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
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rrs | 1472518 | n.673G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrs | 1472537 | n.692C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
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rrs | 1472558 | n.713G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472566 | n.721G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1472569 | n.724G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.34 |
rrs | 1472579 | n.734G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472580 | n.735C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1472597 | n.752G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472598 | n.753A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472599 | n.754G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472607 | n.762G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1472655 | n.810G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472660 | n.815T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472673 | n.828T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472674 | n.829T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
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rrs | 1472697 | n.852T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
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tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
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aftB | 4268040 | p.Leu266Pro | missense_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3083 | 3448507 | c.5_*1408del | frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant | 1.0 |