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Run ID: ERR2510768

Sample name:

Date: 31-03-2023 18:55:46

Number of reads: 1396862

Percentage reads mapped: 96.63

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mshA 575891 p.Ala182Thr missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472675 n.830T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473288 n.1443C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474007 n.350A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4242928 c.-305A>G upstream_gene_variant 1.0
embB 4247595 p.Cys361Ser missense_variant 1.0
aftB 4268040 p.Leu266Pro missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0