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Run: ERR2512471
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Run ID: ERR2512471

Sample name:

Date: 31-03-2023 19:03:20

Number of reads: 2338818

Percentage reads mapped: 98.82

Strain: lineage4.1.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 760493 c.687C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
rpoC 766070 c.2701C>T synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472673 n.828T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2170053 p.Thr187Ser missense_variant 0.15
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3065734 p.Ala153Val missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 0.98
fbiA 3641447 p.Thr302Met missense_variant 1.0
rpoA 3877553 p.Glu319Lys missense_variant 1.0
embC 4240897 c.1035C>G synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embB 4249408 c.2895G>A synonymous_variant 1.0
whiB6 4338575 c.-54A>C upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0