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Run: ERR2512494
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Run ID: ERR2512494

Sample name:

Date: 31-03-2023 19:04:26

Number of reads: 1834141

Percentage reads mapped: 96.95

Strain: lineage4.3.3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.3 Euro-American (LAM) LAM;T RD115 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8040 p.Gly247Ser missense_variant 1.0
gyrA 8475 p.Arg392Gly missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 764914 p.Met515Ile missense_variant 1.0
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpS5 778905 c.1A>G start_lost 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473020 n.1175T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473034 n.1189A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474393 n.736A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474402 n.745T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474425 n.768A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474428 n.771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474448 n.791T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475754 n.2097G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475774 n.2117C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475927 n.2270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476167 n.2510T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2170048 p.Leu189Val missense_variant 0.11
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518919 p.Gly269Ser missense_variant 1.0
Rv2752c 3065824 p.Pro123Leu missense_variant 1.0
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 0.98
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
aftB 4269693 c.-857C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407806 p.Ala133Thr missense_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0