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Run: ERR2512716
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Run ID: ERR2512716

Sample name:

Date: 31-03-2023 19:12:30

Number of reads: 1615675

Percentage reads mapped: 98.86

Strain: lineage4.6.2.2

Drug-resistance: HR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.6 Euro-American T;LAM None 1.0
lineage4.6.2 Euro-American T;LAM RD726 1.0
lineage4.6.2.2 Euro-American (Cameroon) LAM10-CAM RD726 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25 streptomycin
fabG1 1673425 c.-15C>T upstream_gene_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpR5 778298 c.-692C>T upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472057 n.212C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472061 n.216A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472062 n.217G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472069 n.224G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472138 n.293C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472147 n.302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472487 n.643dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472673 n.828T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473270 n.1425G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473281 n.1436_1437insT non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473284 n.1440_1444delACCCT non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473291 n.1449_1451delAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473304 n.1459C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473305 n.1460G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473317 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2155389 c.723C>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2221746 c.1416_1418dupCCG disruptive_inframe_insertion 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
thyX 3067474 p.Pro158Ala missense_variant 0.98
Rv3083 3448567 p.His22Asp missense_variant 0.98
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612571 c.546C>T synonymous_variant 1.0
Rv3236c 3612910 p.Leu69Phe missense_variant 0.98
embA 4242550 c.-683C>G upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4249751 c.3238T>C synonymous_variant 0.11
aftB 4267272 p.Lys522Arg missense_variant 1.0
ethR 4326739 c.-810G>C upstream_gene_variant 1.0
ethA 4328004 c.-531C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0