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Run: ERR2513298
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Run ID: ERR2513298

Sample name:

Date: 31-03-2023 19:35:18

Number of reads: 2889298

Percentage reads mapped: 97.59

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 0.99
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 0.98
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472565 n.720A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473270 n.1425G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474202 n.545T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474275 n.618T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474326 n.669T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474489 n.832T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474988 n.1331C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475059 n.1403_1404insTA non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475062 n.1405A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475065 n.1409_1411delCAA non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475080 n.1425_1426delCC non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475109 n.1452C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475137 n.1480A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475175 n.1518G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475188 n.1531C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476113 n.2456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476164 n.2507A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476194 n.2537A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476235 n.2578A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1476592 n.2935G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476596 n.2939C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102875 c.168C>T synonymous_variant 0.11
PPE35 2168149 p.Pro822Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448497 c.-7T>A upstream_gene_variant 0.4
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embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
ethA 4326082 p.Asp464Glu missense_variant 0.95
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0