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Run: ERR2513298

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Run ID: ERR2513298

Sample name:

Date: 20-10-2023 10:37:11

Number of reads: 2889298

Percentage reads mapped: 97.59

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Sensitive


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Rifampicin
Isoniazid
Ethambutol
Pyrazinamide
Streptomycin
Fluoroquinolones
Moxifloxacin
Ofloxacin
Levofloxacin
Ciprofloxacin
Aminoglycosides
Amikacin
Capreomycin
Kanamycin
Cycloserine
Ethionamide
Clofazimine
Para-aminosalicylic_acid
Delamanid
Bedaquiline
Linezolid
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 0.99
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 0.98
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102875 c.168C>T synonymous_variant 0.11
PPE35 2168149 p.Pro822Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
ethA 4326082 p.Asp464Glu missense_variant 0.95
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 0.97