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Run: ERR2513619

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Run ID: ERR2513619

Sample name:

Date: 20-10-2023 11:00:29

Number of reads: 2171573

Percentage reads mapped: 94.89

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Sensitive


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Rifampicin
Isoniazid
Ethambutol
Pyrazinamide
Streptomycin
Fluoroquinolones
Moxifloxacin
Ofloxacin
Levofloxacin
Ciprofloxacin
Aminoglycosides
Amikacin
Capreomycin
Kanamycin
Cycloserine
Ethionamide
Clofazimine
Para-aminosalicylic_acid
Delamanid
Bedaquiline
Linezolid
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 778060 p.Ser141Arg missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168149 p.Pro822Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4039729 p.Asp326Asn missense_variant 0.99
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448499 c.-4_*1408del transcript_ablation 1.0