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Run: ERR2514073
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Run ID: ERR2514073

Sample name:

Date: 31-03-2023 20:06:06

Number of reads: 638662

Percentage reads mapped: 87.1

Strain: lineage4.1.1.3.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
lineage4.1.1.3 Euro-American (X-type) X1;X3 RD193 1.0
lineage4.1.1.3.1 Euro-American (X-type) X1;X3 RD193 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 762926 c.-444C>G upstream_gene_variant 0.12
rpoC 764261 c.893delT frameshift_variant 0.11
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpR5 779138 p.Arg50Gln missense_variant 0.12
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303016 p.Val29Gly missense_variant 0.31
fbiC 1303601 p.Glu224Gly missense_variant 1.0
fbiC 1304779 p.Leu617Val missense_variant 0.1
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472958 n.1113A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472967 n.1122G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472988 n.1143T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473001 n.1156G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473116 n.1271A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473122 n.1277T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473127 n.1282G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473150 n.1305T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473161 n.1316A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473164 n.1319C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473201 n.1356A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473215 n.1370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474384 n.727C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475754 n.2097G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475764 n.2107A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475774 n.2117C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476583 n.2926G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476595 n.2938C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476600 n.2943A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476602 n.2945G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476608 n.2951C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476614 n.2957A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476629 n.2972C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
eis 2715354 c.-22G>A upstream_gene_variant 0.12
Rv2752c 3067140 c.-949G>A upstream_gene_variant 0.11
thyA 3074022 c.449delT frameshift_variant 0.11
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fbiB 3641922 p.Ala130Thr missense_variant 0.17
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embA 4243631 c.399G>T synonymous_variant 0.15
embA 4245467 c.2237dupA frameshift_variant 0.11
embA 4245596 c.2367dupA frameshift_variant 0.1
embA 4246321 p.Phe1030Ser missense_variant 0.12
embB 4249408 c.2895G>A synonymous_variant 1.0
ubiA 4269514 p.Val107Gly missense_variant 0.27
aftB 4269540 c.-704C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0