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Run: ERR2514173

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Run ID: ERR2514173

Sample name:

Date: 20-10-2023 11:42:01

Number of reads: 1566957

Percentage reads mapped: 90.65

Strain: lineage4.5

Drug-resistance: Other


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Rifampicin
Isoniazid
Ethambutol
Pyrazinamide
Streptomycin R rrs n.888G>A (0.67)
Fluoroquinolones
Moxifloxacin
Ofloxacin
Levofloxacin
Ciprofloxacin
Aminoglycosides
Amikacin
Capreomycin
Kanamycin
Cycloserine
Ethionamide
Clofazimine
Para-aminosalicylic_acid
Delamanid
Bedaquiline
Linezolid
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.5 Euro-American H;T RD122 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7892 c.591G>A synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
ccsA 620029 c.139C>T synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406101 p.Pro414Ser missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474711 n.1054_1060delGGTGTAAinsCGGGTTGT non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474753 n.1096_1097delACinsG non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475754 n.2097G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475762 n.2105G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475774 n.2117C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2170568 p.Ile15Met missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
whiB7 3568649 p.Pro11Ser missense_variant 1.0
clpC1 4038318 p.Pro796Leu missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243532 c.300C>T synonymous_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
mmpS5 778606 c.54_299del conservative_inframe_deletion 1.0