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Run: ERR2514576
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Run ID: ERR2514576

Sample name:

Date: 31-03-2023 20:25:45

Number of reads: 3031448

Percentage reads mapped: 98.31

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
fgd1 491027 p.Asn82Thr missense_variant 0.23
ccsA 619831 c.-60T>G upstream_gene_variant 0.23
ccsA 620748 c.858T>G synonymous_variant 0.3
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472147 n.302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472452 n.607G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472504 n.659A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472505 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473089 n.1244A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473091 n.1246G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473100 n.1255G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473109 n.1264T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473120 n.1275C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473135 n.1290C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473201 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475877 n.2220C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475878 n.2221T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475879 n.2222T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476234 n.2577G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168149 p.Pro822Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4039729 p.Asp326Asn missense_variant 0.98
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0