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Run: ERR2514668
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Run ID: ERR2514668

Sample name:

Date: 31-03-2023 20:29:31

Number of reads: 1300240

Percentage reads mapped: 90.36

Strain: lineage4.8.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
lineage4.8.1 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
fgd1 491027 p.Asn82Thr missense_variant 0.3
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472282 n.437T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472574 n.729T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472668 n.825_829delGGGTT non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472675 n.830_831insAGAC non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473270 n.1425G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473274 n.1429C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473554 n.-104G>T upstream_gene_variant 0.18
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474326 n.669T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475715 n.2058G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475761 n.2104C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475764 n.2107A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475766 n.2109G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
tlyA 1918066 p.Ala43Pro missense_variant 0.2
PPE35 2168149 p.Pro822Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
fbiD 3339040 c.-78T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiB 3642874 p.Leu447Arg missense_variant 1.0
clpC1 4039402 p.Lys435Glu missense_variant 0.15
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
ubiA 4269205 p.Leu210Pro missense_variant 0.11
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0