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Run: ERR3276155

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Run ID: ERR3276155

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Date: 21-10-2023 05:42:09

Number of reads: NA

Percentage reads mapped: NA

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 0.98
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406622 p.Leu240Arg missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472951 n.1106T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472974 n.1129A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473001 n.1156G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473002 n.1157G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473008 n.1163C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473009 n.1164T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473020 n.1175T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475225 n.1568A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476251 n.2594T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476297 n.2640C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476353 n.2696G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476359 n.2702C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476411 n.2754G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476443 n.2786G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476455 n.2798C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476463 n.2806C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476470 n.2813C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0