Run ID: ERR4812328
Sample name:
Date: 01-04-2023 12:00:24
Number of reads: 4061983
Percentage reads mapped: 93.46
Strain: lineage4.3.3
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.3 | Euro-American (LAM) | mainly-LAM | None | 1.0 |
lineage4.3.3 | Euro-American (LAM) | LAM;T | RD115 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
gyrA | 7521 | p.Ala74Ser | missense_variant | 1.0 | ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin |
rrs | 1473247 | n.1402C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 8040 | p.Gly247Ser | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 764995 | c.1626C>G | synonymous_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471937 | n.93dupT | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472571 | n.726G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472581 | n.736A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472606 | n.761C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472623 | n.778A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
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rrs | 1472675 | n.830T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
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tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
kasA | 2518919 | p.Gly269Ser | missense_variant | 1.0 |
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ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
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embC | 4242182 | p.Ala774Ser | missense_variant | 1.0 |
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gid | 4408156 | p.Leu16Arg | missense_variant | 1.0 |
whiB6 | 4337898 | c.17_*272del | frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant | 1.0 |