Run ID: ERR4814787
Sample name:
Date: 01-04-2023 13:29:37
Number of reads: 4209455
Percentage reads mapped: 90.49
Strain: lineage4.3.3
Drug-resistance: Sensitive
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.3 | Euro-American (LAM) | mainly-LAM | None | 1.0 |
lineage4.3.3 | Euro-American (LAM) | LAM;T | RD115 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 8040 | p.Gly247Ser | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 764995 | c.1626C>G | synonymous_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472790 | n.945T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472824 | n.979T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472952 | n.1107T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472954 | n.1109T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472957 | n.1112C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472958 | n.1113A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472973 | n.1128A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472974 | n.1129A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472982 | n.1137G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472987 | n.1142G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472988 | n.1143T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472992 | n.1147A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472996 | n.1151T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1473158 | n.1313T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473163 | n.1318C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473172 | n.1327T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473192 | n.1347A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473205 | n.1360T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1473215 | n.1370A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1476406 | n.2749T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476563 | n.2906G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476580 | n.2923G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1476585 | n.2928A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1476590 | n.2933T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1476609 | n.2952G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1476614 | n.2957A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1476616 | n.2959A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1476628 | n.2971T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476629 | n.2973dupA | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rpsA | 1834836 | p.Met432Thr | missense_variant | 1.0 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
katG | 2156196 | c.-85C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
kasA | 2518919 | p.Gly269Ser | missense_variant | 1.0 |
folC | 2746340 | p.Ala420Val | missense_variant | 1.0 |
thyA | 3073868 | p.Thr202Ala | missense_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
clpC1 | 4038287 | c.2418C>T | synonymous_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4408156 | p.Leu16Arg | missense_variant | 1.0 |