TB-Profiler result

Run: ERR4815178
Summary

Run ID: ERR4815178

Sample name:

Date: 01-04-2023 13:43:13

Number of reads: 2925291

Percentage reads mapped: 96.28

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mshA 576263 c.916C>T synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472673 n.828T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475735 n.2078T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475791 n.2134A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476443 n.2786G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476455 n.2798C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168149 p.Pro822Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3064875 c.1317C>G synonymous_variant 1.0
ald 3086987 p.Gln56His missense_variant 1.0
Rv3083 3448497 c.-7T>A upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448500 c.-4A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448501 c.-3G>T upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474119 p.Met38Thr missense_variant 1.0
fprA 3474925 p.Thr307Ala missense_variant 1.0
fbiA 3641477 p.Asp312Gly missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338596 c.-75G>A upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0