Run ID: ERR4815472
Sample name:
Date: 20-10-2023 07:50:39
Number of reads: 1720775
Percentage reads mapped: 90.65
Strain: lineage4.9
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|---|---|
Rifampicin | ||
Isoniazid | ||
Ethambutol | ||
Pyrazinamide | ||
Streptomycin | R | rrs n.888G>A (0.63) |
Fluoroquinolones | ||
Moxifloxacin | ||
Ofloxacin | ||
Levofloxacin | ||
Ciprofloxacin | ||
Aminoglycosides | ||
Amikacin | ||
Capreomycin | ||
Kanamycin | ||
Cycloserine | ||
Ethionamide | ||
Clofazimine | ||
Para-aminosalicylic_acid | ||
Delamanid | ||
Bedaquiline | ||
Linezolid |
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.9 | Euro-American (H37Rv-like) | T1 | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.63 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrs | 1472160 | n.315C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrs | 1472225 | n.380C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.88 |
rrs | 1472537 | n.692C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.9 |
rrs | 1472566 | n.721G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.73 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.74 |
rrs | 1472579 | n.734G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472580 | n.735C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.52 |
rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.85 |
rrs | 1472598 | n.753A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.76 |
rrs | 1472599 | n.754G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.76 |
rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.63 |
rrs | 1472713 | n.868T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrs | 1472716 | n.871C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.63 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.68 |
rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.66 |
rrs | 1472790 | n.945T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrs | 1472793 | n.948A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrs | 1472803 | n.958T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.69 |
rrs | 1472824 | n.979T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.72 |
rrs | 1472952 | n.1107T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrs | 1472955 | n.1110C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.87 |
rrs | 1472957 | n.1112C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrs | 1472973 | n.1128A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrs | 1472987 | n.1142G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrs | 1472989 | n.1144G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrs | 1472992 | n.1147A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473005 | n.1160C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.72 |
rrs | 1473055 | n.1210C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrs | 1473066 | n.1221A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.76 |
rrs | 1473088 | n.1243A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.61 |
rrs | 1473145 | n.1300C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrs | 1473172 | n.1327T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrs | 1473173 | n.1328C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1473221 | n.1376C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrs | 1473252 | n.1407T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrs | 1473259 | n.1414C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrl | 1476359 | n.2702C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.52 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrl | 1476429 | n.2772A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
katG | 2154200 | p.Tyr638His | missense_variant | 1.0 |
katG | 2155745 | p.Gly123Arg | missense_variant | 1.0 |
ahpC | 2726142 | c.-51G>A | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |