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Run: ERR4815870
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Run ID: ERR4815870

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:06:52

Number of reads: 4596209

Percentage reads mapped: 97.48

Strain: lineage4.6.2.2

Drug-resistance: HR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.6 Euro-American T;LAM None 1.0
lineage4.6.2 Euro-American T;LAM RD726 1.0
lineage4.6.2.2 Euro-American (Cameroon) LAM10-CAM RD726 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
fabG1 1673425 c.-15C>T upstream_gene_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpR5 778298 c.-692C>T upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472487 n.643dupT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472564 n.719A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473034 n.1189A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473099 n.1254T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473127 n.1282G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473193 n.1348G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473204 n.1359C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473215 n.1370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473259 n.1414C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473264 n.1419A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474201 n.544T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474202 n.545T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474249 n.592G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474253 n.596A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474254 n.597C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474605 n.948A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474896 n.1239A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475713 n.2056C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475735 n.2078T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475783 n.2126T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475791 n.2134A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475897 n.2240T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476357 n.2700T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476359 n.2702C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476443 n.2786G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476455 n.2798C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2155389 c.723C>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2221746 c.1416_1418dupCCG disruptive_inframe_insertion 0.96
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
thyX 3067474 p.Pro158Ala missense_variant 1.0
Rv3083 3448567 p.His22Asp missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612571 c.546C>T synonymous_variant 1.0
Rv3236c 3612910 p.Leu69Phe missense_variant 1.0
rpoA 3878578 c.-71C>A upstream_gene_variant 0.22
embA 4242550 c.-683C>G upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
aftB 4267272 p.Lys522Arg missense_variant 1.0
ethR 4326739 c.-810G>C upstream_gene_variant 1.0
ethA 4328004 c.-531C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0