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Run: ERR4816373
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Run ID: ERR4816373

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:23:43

Number of reads: 1771862

Percentage reads mapped: 97.3

Strain: lineage4.1.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 760998 p.Met398Val missense_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304848 p.Asn640Asp missense_variant 0.4
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472088 n.243T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472958 n.1113A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472963 n.1118G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473291 n.1446G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475767 n.2110_2111insT non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476229 n.2572C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2101678 c.1365A>G synonymous_variant 0.11
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2290185 c.-944G>C upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiD 3339370 p.Pro85Ser missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 0.98
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embB 4247699 p.Met396Leu missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0