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Run: ERR4816711
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Run ID: ERR4816711

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:35:02

Number of reads: 1521892

Percentage reads mapped: 96.32

Strain: lineage4.1.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576751 p.Lys468Asn missense_variant 0.2
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472288 n.443A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472289 n.444T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472297 n.453_465delGTCCGGGTTCTCT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472315 n.470T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472326 n.481T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472445 n.601dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472462 n.617T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472463 n.618G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472497 n.652G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472686 n.841G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472960 n.1115G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472969 n.1124A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472970 n.1125C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472977 n.1132G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472978 n.1133T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472986 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473291 n.1446_1447insT non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1473768 n.111A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1473770 n.113T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1473806 n.149C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473811 n.154C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1473812 n.155G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1473815 n.158T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1473822 n.165A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1473828 n.171_172insCT non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1473832 n.175C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1473835 n.179delA non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1473844 n.187C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1473870 n.213G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1473876 n.219G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
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rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1476256 n.2599A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1476298 n.2641C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476309 n.2652G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476608 n.2951C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476614 n.2957A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476629 n.2972C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476630 n.2973A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476661 n.3004A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476665 n.3008T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476666 n.3009C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476675 n.3018C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476689 n.3032A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476694 n.3037G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476699 n.3042A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fbiA 3641447 p.Thr302Met missense_variant 1.0
rpoA 3877553 p.Glu319Lys missense_variant 1.0
embC 4240897 c.1035C>G synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embB 4249408 c.2895G>A synonymous_variant 0.98
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0