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Run: ERR4816758
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Run ID: ERR4816758

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:37:04

Number of reads: 4063925

Percentage reads mapped: 96.84

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mshA 575891 p.Ala182Thr missense_variant 1.0
rpoB 762667 p.Pro954Arg missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472900 n.1055G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473289 n.1444_1445insTTTTG non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473377 n.1532C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474896 n.1239A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475754 n.2097G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475774 n.2117C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476113 n.2456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476600 n.2943A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476608 n.2951C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476614 n.2957A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476616 n.2959A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476628 n.2971T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476629 n.2972C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476633 n.2976A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476664 n.3007T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476668 n.3011C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4242928 c.-305A>G upstream_gene_variant 1.0
embB 4247595 p.Cys361Ser missense_variant 1.0
aftB 4268040 p.Leu266Pro missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0