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Run: ERR4816800
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Run ID: ERR4816800

Sample name:

Date: 20-10-2023 08:12:24

Number of reads: 2598646

Percentage reads mapped: 91.28

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Rifampicin
Isoniazid
Ethambutol
Pyrazinamide
Streptomycin R rrs n.888G>A (0.42)
Fluoroquinolones
Moxifloxacin
Ofloxacin
Levofloxacin
Ciprofloxacin
Aminoglycosides
Amikacin
Capreomycin
Kanamycin
Cycloserine
Ethionamide
Clofazimine
Para-aminosalicylic_acid
Delamanid
Bedaquiline
Linezolid
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473089 n.1244A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473284 n.1439A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473287 n.1442_1449delCCTCGGGAinsG non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474753 n.1096_1097delACinsG non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475756 n.2099_2107delTAACCCGCAinsCAACCCTTT non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475765 n.2108A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476297 n.2640C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476298 n.2641C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476300 n.2643G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476506 n.2849T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476528 n.2871A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2155973 p.Val47Ile missense_variant 1.0
PPE35 2168149 p.Pro822Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2222095 p.Ala357Val missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4039729 p.Asp326Asn missense_variant 1.0
clpC1 4040093 c.612C>T synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0