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Run: ERR4817047
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Run ID: ERR4817047

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:46:23

Number of reads: 1382465

Percentage reads mapped: 94.29

Strain: lineage4.2.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.2 Euro-American H;T;LAM None 1.0
lineage4.2.2 Euro-American (Ural) T;LAM7-TUR None 0.99
lineage4.2.2.1 Euro-American LAM7-TUR None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576077 c.730C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 764602 c.1233C>T synonymous_variant 0.13
rpoC 764605 c.1236G>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.15
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472675 n.830T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472733 n.888G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472742 n.897C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.17
rrl 1473394 n.-264C>T upstream_gene_variant 0.25
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475137 n.1480A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475175 n.1518G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475757 n.2101_2104delACCC non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475991 n.2334T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475992 n.2335T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475993 n.2336C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475995 n.2338G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475999 n.2342G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476030 n.2373A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476032 n.2375C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476034 n.2377C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476040 n.2383C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476045 n.2388G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476047 n.2390G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476049 n.2392C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476235 n.2578A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476267 n.2610G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476276 n.2619C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476279 n.2622G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476295 n.2638C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476299 n.2642C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476306 n.2649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476307 n.2650A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476308 n.2651G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476311 n.2654G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rpsA 1833970 c.429G>T synonymous_variant 0.14
rpsA 1833979 c.438T>C synonymous_variant 0.14
rpsA 1833994 c.453G>C synonymous_variant 0.13
rpsA 1834000 c.459G>T synonymous_variant 0.13
rpsA 1834012 c.471G>C synonymous_variant 0.14
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