Run ID: ERR4817556
Sample name:
Date: 01-04-2023 15:04:36
Number of reads: 16996142
Percentage reads mapped: 99.14
Strain: lineage4.2.2.2
Drug-resistance: Sensitive
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.2 | Euro-American | H;T;LAM | None | 1.0 |
lineage4.2.2.2 | Euro-American (Ural) | T;LAM7-TUR | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 8688 | p.Ala463Ser | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
mshA | 576077 | c.730C>T | synonymous_variant | 1.0 |
rpoB | 761489 | c.1683G>A | synonymous_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472225 | n.380C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrs | 1472537 | n.692C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472544 | n.699C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472545 | n.700A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472566 | n.721G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472598 | n.753A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472599 | n.754G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472790 | n.945T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472895 | n.1050C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472973 | n.1128A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472974 | n.1129A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1473055 | n.1210C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1473066 | n.1221A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473088 | n.1243A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1473121 | n.1276T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrs | 1473221 | n.1376C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1474166 | n.509G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1474692 | n.1035G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1474749 | n.1092C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1474753 | n.1097delC | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1474760 | n.1103A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1474794 | n.1137C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1474824 | n.1167A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1474830 | n.1173A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1474864 | n.1207C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1474903 | n.1246T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1476359 | n.2702C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1476429 | n.2772A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv2752c | 3066280 | c.-89C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
ald | 3086742 | c.-78A>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |