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Run: ERR4817903
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Run ID: ERR4817903

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Date: 01-04-2023 15:15:30

Number of reads: 3348175

Percentage reads mapped: 95.64

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 761642 c.1836G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 761643 p.Val613Phe missense_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472274 n.429A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473034 n.1189A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473215 n.1370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473259 n.1414C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473264 n.1419A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1473842 n.185C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474783 n.1126G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474798 n.1141C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474806 n.1149A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475713 n.2056C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475735 n.2078T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475754 n.2097G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475760 n.2103_2104insGTT non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475763 n.2107_2109delAAG non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475772 n.2115A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475774 n.2117C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475791 n.2134A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476583 n.2926G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476595 n.2938C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476602 n.2945G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476608 n.2951C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476614 n.2957A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476629 n.2972C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476630 n.2973A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rpsA 1834261 c.720A>G synonymous_variant 0.11
rpsA 1834264 c.723G>C synonymous_variant 0.11
rpsA 1834294 c.753G>C synonymous_variant 0.13
rpsA 1834298 p.Gln253Glu missense_variant 0.13
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 0.98
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
aftB 4268613 p.Gly75Val missense_variant 0.17
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0