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Run ID: ERR4817919

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:16:11

Number of reads: 3971355

Percentage reads mapped: 96.74

Strain: lineage4.3.4.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.4 Euro-American (LAM) LAM RD174 1.0
lineage4.3.4.1 Euro-American (LAM) LAM1;LAM2 RD174 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474794 n.1137C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474852 n.1195T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475791 n.2134A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2222854 p.Ile104Thr missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612009 p.Ala370Thr missense_variant 1.0
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
clpC1 4039991 c.714G>A synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0