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Run: ERR4817926
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Run ID: ERR4817926

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:16:20

Number of reads: 2579456

Percentage reads mapped: 91.82

Strain: lineage4.6.2.2

Drug-resistance: HR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.6 Euro-American T;LAM None 1.0
lineage4.6.2 Euro-American T;LAM RD726 1.0
lineage4.6.2.2 Euro-American (Cameroon) LAM10-CAM RD726 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7 streptomycin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
fabG1 1673425 c.-15C>T upstream_gene_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpR5 778298 c.-692C>T upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472487 n.643dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472673 n.828T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrl 1476667 n.3012delC non_coding_transcript_exon_variant 0.14
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2155389 c.723C>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2221746 c.1416_1418dupCCG disruptive_inframe_insertion 0.98
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
thyX 3067474 p.Pro158Ala missense_variant 0.98
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fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 0.98
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