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Run ID: ERR4817977

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:17:51

Number of reads: 4055772

Percentage reads mapped: 98.4

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1417298 p.Gly17Glu missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472368 n.523A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472582 n.737G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472585 n.740A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472623 n.778A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472767 n.922G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472812 n.967A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472954 n.1110delC non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472958 n.1113_1114insC non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472986 n.1141_1142insA non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472989 n.1145delA non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474306 n.652delG non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476363 n.2706A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476366 n.2709A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476368 n.2711T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476374 n.2717T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 0.99
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086739 c.-81G>A upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448497 c.-7T>A upstream_gene_variant 1.0
fbiA 3640689 p.Asp49Glu missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4246277 c.-237G>A upstream_gene_variant 1.0
embB 4247676 p.Ala388Asp missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407945 c.258C>T synonymous_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0