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Run: ERR4818023
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Run ID: ERR4818023

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:19:37

Number of reads: 1632392

Percentage reads mapped: 94.13

Strain: lineage4.1.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7323 p.Pro8Ala missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776659 p.Asp608Asn missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472188 n.343A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472207 n.362A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472210 n.365A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472584 n.739A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472682 n.837T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472683 n.838T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472687 n.842A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472697 n.852T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472708 n.863T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473284 n.1439A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473797 n.140G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1473806 n.149C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1473807 n.150T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1473811 n.154C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1473832 n.175C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1473836 n.179A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1473839 n.182G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1473840 n.183A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474615 n.958A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474633 n.976T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474636 n.979A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474638 n.981_982insCG non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474652 n.995T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474658 n.1001A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474665 n.1008A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474666 n.1009T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474673 n.1016T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474685 n.1028G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474687 n.1030C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474774 n.1117A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168501 p.Phe704Leu missense_variant 1.0
PPE35 2169902 c.711G>C synonymous_variant 0.11
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fbiA 3640356 c.-187G>A upstream_gene_variant 1.0
alr 3841295 c.126G>A synonymous_variant 1.0
rpoA 3878567 c.-60C>G upstream_gene_variant 0.18
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embB 4247121 p.Ser203Leu missense_variant 0.98
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0