Run ID: ERR4818047
Sample name:
Date: 01-04-2023 15:20:10
Number of reads: 3535926
Percentage reads mapped: 99.42
Strain: lineage4.4.1.1
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.4 | Euro-American | S;T | None | 1.0 |
lineage4.4.1 | Euro-American (S-type) | S;T | None | 1.0 |
lineage4.4.1.1 | Euro-American | S;Orphans | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491669 | p.Lys296Arg | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472714 | n.869A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472755 | n.910G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472803 | n.958T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472895 | n.1050C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472973 | n.1128A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472987 | n.1142G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1472989 | n.1144G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1473055 | n.1210C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1473066 | n.1221A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1473088 | n.1243A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1473093 | n.1248C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473100 | n.1255G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1473102 | n.1257C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1473104 | n.1259C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1473110 | n.1265T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1473111 | n.1266A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1473121 | n.1276T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473145 | n.1300C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1476532 | n.2875T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
ndh | 2102990 | p.Val18Ala | missense_variant | 1.0 |
PPE35 | 2169840 | p.Gly258Asp | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
folC | 2746969 | c.630C>T | synonymous_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3083 | 3448608 | c.105G>A | synonymous_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3236c | 3612665 | p.Val151Ala | missense_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embA | 4243087 | c.-146G>A | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4408143 | c.60G>A | synonymous_variant | 1.0 |