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Run: ERR4818214
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Run ID: ERR4818214

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:25:54

Number of reads: 8051641

Percentage reads mapped: 99.26

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 778949 c.-469G>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472109 n.264G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472559 n.714T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472574 n.729T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472579 n.734G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472582 n.737G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472583 n.738T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472592 n.747C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472611 n.766G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472719 n.874G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476229 n.2572C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476347 n.2690C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476606 n.2949A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448460 c.-43delA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0