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Run: ERR4818294
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Run ID: ERR4818294

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:28:53

Number of reads: 3130316

Percentage reads mapped: 99.42

Strain: lineage4.1.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
rpoC 766070 c.2701C>T synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472133 n.288G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473270 n.1425G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473281 n.1436_1437insT non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473284 n.1440_1444delACCCT non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473291 n.1449_1451delAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473317 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1473867 n.210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475556 n.1899A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475814 n.2157A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476475 n.2820_2821delGG non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fbiA 3641447 p.Thr302Met missense_variant 1.0
rpoA 3877553 p.Glu319Lys missense_variant 1.0
rpoA 3878576 c.-69T>C upstream_gene_variant 0.29
embC 4240897 c.1035C>G synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embB 4249408 c.2895G>A synonymous_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0