Run ID: ERR4818714
Sample name:
Date: 01-04-2023 15:42:48
Number of reads: 2198533
Percentage reads mapped: 98.71
Strain: lineage4.8
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.8 | Euro-American (mainly T) | T1;T2;T3;T5 | RD219 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.88 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrB | 5107 | c.-133C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
gyrB | 5401 | c.162C>T | synonymous_variant | 1.0 |
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7374 | p.Gln25Glu | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 763355 | c.-15G>A | upstream_gene_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fbiC | 1302983 | p.Pro18Leu | missense_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472108 | n.263C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472122 | n.277G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrs | 1472123 | n.278A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrs | 1472124 | n.279C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472155 | n.310C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrs | 1472160 | n.315C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrs | 1472544 | n.699C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472545 | n.700A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472566 | n.721G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrs | 1472579 | n.734G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472580 | n.735C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrs | 1472598 | n.753A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrs | 1472599 | n.754G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrs | 1472713 | n.868T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrs | 1472716 | n.871C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.89 |
rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.89 |
rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.89 |
rrs | 1472793 | n.948A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.88 |
rrs | 1472803 | n.958T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.88 |
rrs | 1472824 | n.979T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472895 | n.1050C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472935 | n.1090G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472954 | n.1109T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrs | 1472957 | n.1112C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472973 | n.1128A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrs | 1472992 | n.1147A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1473005 | n.1160C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrs | 1473055 | n.1210C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrs | 1473066 | n.1221A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1473081 | n.1236C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473088 | n.1243A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473093 | n.1248C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473100 | n.1255G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473102 | n.1257C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473104 | n.1259C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473110 | n.1265T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473111 | n.1266A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1473121 | n.1276T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1474163 | n.506C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474164 | n.507C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474181 | n.524C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474184 | n.527C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474197 | n.540C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrl | 1474199 | n.542G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrl | 1474200 | n.545delT | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrl | 1474249 | n.592G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1476250 | n.2593C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1476251 | n.2594T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1476257 | n.2600G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1476260 | n.2603A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1476280 | n.2623A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476429 | n.2772A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
PPE35 | 2168149 | p.Pro822Ser | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3083 | 3448497 | c.-7T>A | upstream_gene_variant | 1.0 |
clpC1 | 4039729 | p.Asp326Asn | missense_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3083 | 3448507 | c.5_*1408del | frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant | 1.0 |