Run ID: ERR4818873
Sample name:
Date: 01-04-2023 15:47:59
Number of reads: 4661777
Percentage reads mapped: 96.42
Strain: lineage4.1.2
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1 | Euro-American | T;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1.2 | Euro-American | T;H | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9037 | p.Ala579Val | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491591 | p.Lys270Met | missense_variant | 1.0 |
rpoB | 760115 | c.309C>T | synonymous_variant | 1.0 |
rpoC | 764263 | c.894G>A | synonymous_variant | 0.98 |
rpoC | 765150 | p.Gly594Glu | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 777320 | c.1161C>G | synonymous_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472106 | n.261G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472108 | n.263C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472113 | n.268T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472612 | n.767G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1472793 | n.948A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrs | 1472803 | n.958T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1473668 | n.11C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1473731 | n.74T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1473746 | n.89T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1473756 | n.99G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1473758 | n.101G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1473770 | n.113T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1473806 | n.149C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1473812 | n.155G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1473814 | n.157A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1473815 | n.158T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1473829 | n.172G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1473831 | n.174G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1473832 | n.175C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1473839 | n.182G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1474496 | n.839C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474497 | n.840G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474506 | n.849C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474507 | n.850G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474626 | n.969T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1474632 | n.975G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1474636 | n.979A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1474637 | n.980C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1474638 | n.981C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1474639 | n.982G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1474640 | n.983C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1474829 | n.1175delA | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1475443 | n.1786G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1475452 | n.1795C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1475475 | n.1818C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1475479 | n.1822C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1475480 | n.1823A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1475505 | n.1848G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrl | 1475526 | n.1869C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrl | 1475531 | n.1874C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
kasA | 2518076 | c.-39C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3236c | 3611974 | c.1143A>C | synonymous_variant | 1.0 |
ddn | 3987259 | p.Trp139* | stop_gained | 0.99 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embC | 4242803 | p.Val981Leu | missense_variant | 1.0 |
embB | 4249078 | c.2565G>A | synonymous_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |