Run ID: ERR4819190
Sample name:
Date: 01-04-2023 15:58:19
Number of reads: 2443578
Percentage reads mapped: 99.42
Strain: lineage4.1.1
Drug-resistance: Sensitive
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1 | Euro-American | T;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1.1 | Euro-American (X-type) | X1;X2;X3 | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 765150 | p.Gly594Glu | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 766070 | c.2701C>T | synonymous_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472755 | n.910G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472790 | n.945T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472824 | n.979T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472825 | n.980G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472828 | n.983T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472895 | n.1050C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472957 | n.1112C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472992 | n.1147A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473005 | n.1160C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
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rrs | 1473055 | n.1210C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
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rrs | 1473066 | n.1221A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
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rrs | 1473100 | n.1255G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
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rrs | 1473121 | n.1276T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473145 | n.1300C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1473172 | n.1327T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrl | 1473733 | n.76C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrl | 1474790 | n.1133C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1474817 | n.1160G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
fbiA | 3641447 | p.Thr302Met | missense_variant | 1.0 |
rpoA | 3877553 | p.Glu319Lys | missense_variant | 1.0 |
embC | 4240897 | c.1035C>G | synonymous_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embC | 4242803 | p.Val981Leu | missense_variant | 1.0 |
embB | 4249408 | c.2895G>A | synonymous_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |