Run ID: ERR4819374
Sample name:
Date: 01-04-2023 16:04:41
Number of reads: 3831625
Percentage reads mapped: 99.34
Strain: lineage4.8
Drug-resistance: HR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.8 | Euro-American (mainly T) | T1;T2;T3;T5 | RD219 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrB | 5165 | c.-75C>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472225 | n.380C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472251 | n.406G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1472258 | n.413A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472259 | n.414C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrs | 1472793 | n.948A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472803 | n.958T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
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rrs | 1473173 | n.1328C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1473221 | n.1376C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1474001 | n.344C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476359 | n.2702C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrl | 1476429 | n.2772A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3083 | 3448497 | c.-7T>A | upstream_gene_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3083 | 3448507 | c.5_*1408del | frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant | 1.0 |