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Run: ERR4819497
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Run ID: ERR4819497

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:08:42

Number of reads: 2111419

Percentage reads mapped: 99.16

Strain: lineage4.4.1.2

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.4 Euro-American S;T None 1.0
lineage4.4.1 Euro-American (S-type) S;T None 1.0
lineage4.4.1.2 Euro-American T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304167 p.His413Tyr missense_variant 1.0
fbiC 1304847 c.1917C>T synonymous_variant 0.67
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472915 n.1070G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473122 n.1281delA non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475137 n.1480A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475175 n.1518G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475188 n.1531C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475611 n.1954T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476154 n.2497G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102990 p.Val18Ala missense_variant 1.0
PPE35 2167770 p.Ser948Ile missense_variant 1.0
PPE35 2169840 p.Gly258Asp missense_variant 1.0
PPE35 2170066 p.Ala183Thr missense_variant 0.2
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726338 p.Val49Gly missense_variant 0.24
pepQ 2860213 p.Pro69Leu missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 0.99
Rv3083 3448608 c.105G>A synonymous_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4247008 c.495G>A synonymous_variant 1.0
embB 4249012 c.2499G>A synonymous_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407716 c.486delC frameshift_variant 1.0