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Run: ERR4819561
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Run ID: ERR4819561

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:10:50

Number of reads: 1973828

Percentage reads mapped: 98.57

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 0.99
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 0.98
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 0.98
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 0.98
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 0.99
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 0.98
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472921 n.1076T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473015 n.1170G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473395 n.-263G>A upstream_gene_variant 0.15
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476137 n.2480G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476164 n.2507A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476194 n.2537A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
ethA 4328094 c.-621C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0