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Run: ERR4819630
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Run ID: ERR4819630

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:13:09

Number of reads: 1812711

Percentage reads mapped: 96.05

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
rpoB 760681 p.Asn292Ser missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474293 n.636T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475760 n.2103C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475764 n.2107A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476194 n.2537A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168149 p.Pro822Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448497 c.-7T>A upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4039729 p.Asp326Asn missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0