TB-Profiler result

Run: ERR4819699
Summary

Run ID: ERR4819699

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:15:37

Number of reads: 4330586

Percentage reads mapped: 92.35

Strain: lineage4.6.2.2

Drug-resistance: HR-TB

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.6 Euro-American T;LAM None 1.0
lineage4.6.2 Euro-American T;LAM RD726 1.0
lineage4.6.2.2 Euro-American (Cameroon) LAM10-CAM RD726 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57 streptomycin
fabG1 1673425 c.-15C>T upstream_gene_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpR5 778298 c.-692C>T upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472274 n.429A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472279 n.434T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472487 n.643dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472840 n.995A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1473849 n.192A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474628 n.971C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475109 n.1452C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475137 n.1480A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475170 n.1513A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475175 n.1518G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475188 n.1531C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475814 n.2157A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476629 n.2972C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2155389 c.723C>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2170066 p.Ala183Thr missense_variant 0.12
Rv1979c 2221746 c.1416_1418dupCCG disruptive_inframe_insertion 0.97
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
thyX 3067474 p.Pro158Ala missense_variant 1.0
Rv3083 3448567 p.His22Asp missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612571 c.546C>T synonymous_variant 1.0
Rv3236c 3612910 p.Leu69Phe missense_variant 1.0
embA 4242550 c.-683C>G upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
aftB 4267272 p.Lys522Arg missense_variant 1.0
ethR 4326739 c.-810G>C upstream_gene_variant 1.0
ethA 4328004 c.-531C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0