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Run: ERR4819842
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Run ID: ERR4819842

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:20:06

Number of reads: 460602

Percentage reads mapped: 88.86

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 0.98
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 6515 c.-787T>C upstream_gene_variant 0.11
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7378 p.Arg26His missense_variant 0.18
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491027 p.Asn82Thr missense_variant 0.2
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
mshA 576335 p.Pro330Ser missense_variant 0.12
ccsA 620712 c.822G>A synonymous_variant 0.14
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 763012 p.Ala1069Val missense_variant 0.12
rpoC 764566 c.1197C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764572 c.1203G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764575 c.1206T>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.12
rpoC 764605 c.1236G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764611 c.1242G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777119 p.His454Gln missense_variant 0.18
mmpL5 777122 c.1359C>T synonymous_variant 0.18
mmpL5 777128 c.1353A>G synonymous_variant 0.2
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303527 c.597G>C synonymous_variant 0.11
Rv1258c 1406742 p.His200Arg missense_variant 0.14
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473284 n.1439A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475059 n.1403_1404insTA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475062 n.1405A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475065 n.1409_1411delCAA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475080 n.1425_1426delCC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475172 n.1515A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
fabG1 1673974 p.Asn179Asp missense_variant 0.13
inhA 1674177 c.-25C>A upstream_gene_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2156172 c.-61G>A upstream_gene_variant 0.14
PPE35 2170048 p.Leu189Val missense_variant 0.29
PPE35 2170053 p.Thr187Ser missense_variant 0.25
Rv1979c 2221784 p.Ala461Thr missense_variant 0.11
Rv1979c 2223116 p.Cys17Arg missense_variant 0.15
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
eis 2715212 p.Pro41Ser missense_variant 0.11
folC 2746745 p.Val285Gly missense_variant 0.31
ribD 2986871 c.33C>T synonymous_variant 0.12
thyX 3067946 c.-1C>T upstream_gene_variant 0.18
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fbiA 3640625 p.Phe28Ser missense_variant 0.13
clpC1 4039781 c.924G>C synonymous_variant 0.29
embC 4239676 c.-187T>C upstream_gene_variant 0.12
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embC 4243142 p.Gly1094Ser missense_variant 0.18
embB 4249252 c.2739C>T synonymous_variant 0.14
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0