Run ID: ERR4820230
Sample name:
Date: 20-10-2023 09:10:02
Number of reads: 3913335
Percentage reads mapped: 95.2
Strain: lineage4.1.2.1
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|---|---|
Rifampicin | ||
Isoniazid | ||
Ethambutol | ||
Pyrazinamide | ||
Streptomycin | R | rrs n.888G>A (0.47) |
Fluoroquinolones | ||
Moxifloxacin | ||
Ofloxacin | ||
Levofloxacin | ||
Ciprofloxacin | ||
Aminoglycosides | ||
Amikacin | ||
Capreomycin | ||
Kanamycin | ||
Cycloserine | ||
Ethionamide | ||
Clofazimine | ||
Para-aminosalicylic_acid | ||
Delamanid | ||
Bedaquiline | ||
Linezolid |
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1 | Euro-American | T;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1.2 | Euro-American | T;H | None | 1.0 |
lineage4.1.2.1 | Euro-American (Haarlem) | T1;H1 | RD182 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491591 | p.Lys270Met | missense_variant | 1.0 |
mshA | 575679 | p.Asn111Ser | missense_variant | 1.0 |
rpoB | 760115 | c.309C>T | synonymous_variant | 1.0 |
rpoB | 760807 | p.Ala334Val | missense_variant | 1.0 |
rpoB | 761300 | c.1494G>A | synonymous_variant | 1.0 |
rpoC | 765150 | p.Gly594Glu | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472108 | n.263C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.96 |
rrs | 1472122 | n.277G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.48 |
rrs | 1472123 | n.278A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrs | 1472123 | n.278A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.48 |
rrs | 1472124 | n.279C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrs | 1472150 | n.305T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrs | 1472151 | n.306C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrs | 1472155 | n.310C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.69 |
rrs | 1472160 | n.315C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrs | 1472544 | n.699C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrs | 1472545 | n.700A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrs | 1472566 | n.721G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrs | 1472579 | n.734G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrs | 1472598 | n.753A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472599 | n.754G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.46 |
rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.46 |
rrs | 1472790 | n.945T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrs | 1472793 | n.948A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.49 |
rrs | 1472803 | n.958T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrs | 1472824 | n.979T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.86 |
rrs | 1472895 | n.1050C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrs | 1472957 | n.1112C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472988 | n.1143T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.58 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.52 |
rrs | 1473055 | n.1210C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.63 |
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rrs | 1473163 | n.1318C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrs | 1473172 | n.1327T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.48 |
rrs | 1473173 | n.1328C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.64 |
rrs | 1473221 | n.1376C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1473252 | n.1407T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrs | 1473259 | n.1414C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrs | 1473276 | n.1431A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1473277 | n.1432G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrl | 1474824 | n.1167A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrl | 1475898 | n.2241A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 |
rrl | 1476357 | n.2700T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrl | 1476359 | n.2702C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.68 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrl | 1476429 | n.2772A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
ndh | 2102379 | p.Pro222Ser | missense_variant | 1.0 |
PPE35 | 2170025 | c.588G>A | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
kasA | 2518076 | c.-39C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embC | 4242803 | p.Val981Leu | missense_variant | 1.0 |
embB | 4247050 | c.537C>T | synonymous_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |