Run ID: ERR4821127
Sample name:
Date: 20-10-2023 09:33:05
Number of reads: 1997283
Percentage reads mapped: 95.39
Strain: lineage4.6.2.2
Drug-resistance: HR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|---|---|
Rifampicin | ||
Isoniazid | R | fabG1 c.-15C>T (1.00) |
Ethambutol | ||
Pyrazinamide | ||
Streptomycin | ||
Fluoroquinolones | ||
Moxifloxacin | ||
Ofloxacin | ||
Levofloxacin | ||
Ciprofloxacin | ||
Aminoglycosides | ||
Amikacin | ||
Capreomycin | ||
Kanamycin | ||
Cycloserine | ||
Ethionamide | R | fabG1 c.-15C>T (1.00) |
Clofazimine | ||
Para-aminosalicylic_acid | ||
Delamanid | ||
Bedaquiline | ||
Linezolid |
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.6 | Euro-American | T;LAM | None | 1.0 |
lineage4.6.2 | Euro-American | T;LAM | RD726 | 1.0 |
lineage4.6.2.2 | Euro-American (Cameroon) | LAM10-CAM | RD726 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
fabG1 | 1673425 | c.-15C>T | upstream_gene_variant | 1.0 | isoniazid, ethionamide |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
mmpR5 | 778298 | c.-692C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472106 | n.261G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1472112 | n.267C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1472113 | n.268T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.52 |
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rrs | 1473316 | n.1471C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
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rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.51 |
rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
katG | 2155389 | c.723C>G | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2221746 | c.1416_1418dupCCG | disruptive_inframe_insertion | 0.96 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
thyX | 3067474 | p.Pro158Ala | missense_variant | 1.0 |
Rv3083 | 3448567 | p.His22Asp | missense_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
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Rv3236c | 3612910 | p.Leu69Phe | missense_variant | 1.0 |
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